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寺内供奉一万二千馀尊佛像及自唐朝六祖後千馀年中国南部罕见的金刚不坏身月溪法师真身。
寺院占地六万五千平方英尺，依山就势，建有万佛殿，弥陀殿，观音殿，准提殿，玉皇殿，万佛宝塔，观音亭，韦驮亭，十八罗汉廊等。该寺由云南高僧号称八指头陀的月溪法师於一九四九年创建，月溪法师以大毅力大智慧，虽七十高龄仍然亲自率众弟子不畏艰辛，开山凿石，担鐡运木，历时八载，亲手塑造佛像万馀尊，其中代表性的建筑物之一万佛塔被香港上海汇丰银行选为港币一佰圆之印刷图案。
一九九零年中国佛教协会会长赵朴初居士亲笔题写万佛寺和知恩报恩。
创建人月溪法师，当年由南洋兄弟淤草公司的简玉阶博士将沙田火车站旁山上的私产晦思园赠予月溪法师。法师原拟在此创办佛学院，后因风波搁置，最后用作兴建万佛寺。至1957年落成，自此成为香港某种禅林，法缘极盛。曾在北京任哲学教授，抗战时到香港，后看破红尘，落发出家，遂创此寺。
该寺除主庙外，另有三座较小的庙宇建在主庙的山脊上。万佛寺院舍分高低两组建筑群，低层包括万佛塔、万佛殿、韦驮亭、观音亭及十八罗汉阁。万佛殿内供奉佛像逾万尊，姿态各异;而殿中还供有月溪法师之打从参禅塑像;殿外的观音像、文殊、普贤菩萨像及罗汉像等均造像雄伟，极为壮观。万佛塔高九层，塔内外均供有佛像，设计独特，故被选用作港币一百元钞标之图案。万佛寺高层建筑包括玉皇殿、淮提殿、观音殿及弥陀殿。惟于1997年7月的连场暴雨将万佛寺后之数幅斜坡冲毁，整组殿宇亦严重受损，现正在维修中。
主庙正殿为万佛堂，成正方形，沿墙四周有九层木架，上面摆满了一尺高的佛像，据说木架上的小佛像总数为12800尊。庙堂中还有较大佛像42尊，释迦佛、文殊、普贤、观音、地藏及18罗汉等。主庙外是一个平台广场，广场中还有很多较大佛像，其中最高一尊即护法大神韦驮。
这些大大小小的佛像可说是该庙的特色。佛殿对开， 有一座 7 层高既万佛塔， 颇有气势。寺中还建有：玉皇殿、弥陀殿、观音殿、燃灯佛殿、韦驮阁、准提殿、万佛宝塔。
每逢农历正月十五元宵节同四月初八浴佛节，寺内会举行法会，由法师主礼诵经，祈求香港繁荣，世界和平，法师用白米砌出盯财、贵、寿、慧五字，善信参拜后，取小量煮食，据说有转运解难既作用。现时，万佛寺由非牟利机构沙田万佛寺有限公司管理。
月溪法师一生传奇，除擅弹七弦琴外，词作尤为出色。[2] 法师生于富裕家庭，十九岁毅然出家，礼静安和尚剃染受具。法师甫出家即于佛前燃左无名指及小二指，剪胸肉掌大，主四十八灯供佛并发三大愿：一、不贪美衣美食，乐修苦行，永无退悔;二、遍阅三藏一切经典，苦心修禅;三、以修所得，演说示导，弘修大法，广利众生。
数后后，月溪法师晤铁岩和尚，言谈后顿感如饮甘露，由此日夜苦参用功。至某夜，闻风吹梧桐叶声而顿悟。其后云游四方，遍访名山，随缘讲经说法，行化各方。1933年游化至香港时，驻锡西林寺，度众无数。至晚年，月溪法师致力创建万佛寺。万佛寺位处半山之上，月溪法师虽年逾古董稀，仍亲身担泥运石，建寺岁月异常艰苦。至1957年，寺院终落成。
1965年，月溪法师突感寿缘已尽，临终前嘱弟子将肉身密封于木箱内，八个月后取出，肉身果然不化。弟子遂依遗示以红包裹肉身并加漆铺金，作肉身菩萨，供奉衣寺中的弥陀殿。法师生平著作共九十多种，教化众生，功德无量。
月溪法师圆寂后，其法身供奉在弥陀殿内，在香港仅此一家。
你无法想象的情感是什么然后看着我。从奇怪，他们看我几百金和尚我经历了恐惧和喜悦的同时。
他们无处不在两侧。
因为意识减退了片刻我真的以为他们都还活着。
他们的眼睛和精神上我觉得粉碎。他们中有些人笑了，其他人生气。
一切都非常不同的情绪。我想我的脸在那一刻很喜欢它:)
人与面部表情的多样性我还没有看到其他地方的世界。
香港万佛寺：五百罗汉表情恐怖又猥琐
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